Cuando el navegante entra en la web de MedicoDirecto , lo hace desde su propio ordenador; seguidamente la página o páginas visitadas se cargan temporalmente en el ordenador del navegante, por lo que durante toda la navegación hay una transferencia continua de datos entre el navegante y el sitio visitado. Esta transferencia se realiza a través de la red (esta red va a través de sucesivos routers, con localizaciones eventualmente muy remotas, que se direccionan hacia el navegante a través de su proveedor de Internet). El camino que siguen los mensajes está determinado por la estructura física más directa entre cada zona geográfica, que depende de la disponibilidad y capacidad de los mismos routers. Si la web es visitada repetidamente, quedan algunos archivos temp. en una carpeta destinada especialmente a estos archivos, que van quedando en el caché del navegador o browser. Si el sitio visitado es seguro, la transferencia de datos está protegida por un protocolo que establece una comunicación cerrada entre el visitante y la web segura. En la actualidad MedicoDirecto ofrece una navegación libre por su site, sin protocolo SSL, como la mayoría de las web más prestigiosas.

Cuando el usuario desea transmitir un dato confidencial a MedicoDirecto debe evitar el uso del correo electrónico (inseguro) y limitarse a transmitir los datos a través de los espacios o interfaces disponibles en la web de MedicoDirecto (seguro). Los E-mail están expuestos a que cualquier persona no autorizada tenga conocimiento del contenido del correo. MedicoDirecto recomienda que sus usuarios no utilicen el correo electrónico para comunicar contenidos que deban ser confidenciales, como consultas médicas o problemas de salud. El empleo de interfaces o formularios hace que el dato registrado quede protegido por la seguridad del propio servidor (seguridad del sistema).

Los visitantes de MedicoDirecto no deben registrarse obligatoriamente, ni facilitar ningún dato personal para acceder a muchos de los servicios, como noticias, casos reales, planes personalizados de salud o cuestionarios de autodiagnóstico, lo que se traduce en el anonimato de su visita. Si algún visitante decide registrarse voluntariamente, su privacidad estará amparada por la ley de protección de datos personales, vigente actualmente, y por el compromiso de MedicoDirecto de no utilizar los datos con ningún fin (para más información pulse Privacidad en el menú superior y vea todos los apartados), al margen de lo estrictamente necesario para la operativa de MedicoDirecto. Los usuarios de consultas sí deben registrarse, rellenando un breve cuestionario, aunque no se les solicita datos identitarios. Los datos registrados están protegidos por la seguridad del sistema del hosting; y están amparados por las leyes vigentes.

La información médica derivada de las consultas médicas sólo es accesible accediendo al servidor, y está protegida por la seguridad del sistema. La base de datos de cada usuario es personal y sólo accesible con su password personal.

Las transacciones económicas (pagos por consulta) se realizan en el sitio seguro de la entidad bancaria correspondiente. La condición de sitio seguro queda reflejada por la aparición de un candado cerrado en la barra de estado del navegador, y en la nominación de https (diferente al http de las webs no seguras), donde la "s" significa secure. Dicha seguridad está garantizada en los término correspondientes por la entidad bancaria, que ha instalado en MedicoDirecto su plataforma de pago (TPV).